职能组织结构是指企业按职能划分部门，如一般企业设有计划、采购、生产、营销、财务、人事等职能部门。采用职能组织结构形式的企业在进行项目工作时，各职能部门根据项目的需要承担本职能范围内的工作，项目的全部工作作为各职能部门的一部分工作进行。
也就是说，企业主管根据项目任务需要从各职能部门抽调人员及其他资源组成项目实施组织，这样的项目组织没有明确的项目主管经理，项目中各种职能的协调只能由处于职能部门顶部的部门主管来协调。
项目组织的界限不十分明确，小组成员没有脱离原来的职能部门，项目工作多属于兼职工作性质。职能组织结构形式如图1所示。
图1 职能组织结构形式
职能组织结构的特点
1)优点
(1)资源利用上具有较大的灵活性。各职能部门主管可以根据项目需要灵活调配人力等资源的强度，待所分配的工作完成后，可做其他日常工作，降低了资源闲置成本。尤其是技术专家在本部门内可同时为其他项目服务，提高了资源利用率。
(2)有利于提高企业技术水平。职能式组织结构形式是以职能的相似性划分部门的，同一部门人员可交流经验，共同研究，提高业务水平。而且还可保证项目不会因人员的更换而中断，从而保证项目技术的连续性。
(3)有利于协调企业整体活动。由于职能部门主管只向企业领导负责，企业领导可以从全局出发协调各部门的工作。
2)缺点
(1)责任不明，协调困难。由于各职能部门只负责项目的一部分，没有一个人承担项目的全部责任，各职能部门内部人员责任也比较淡化，而且各部门常从其局部利益出发，对部门之间的冲突很难协调。
(2)不能以项目和客户为中心。职能部门的工作方式常是面向本部门的，不以项目为关注焦点，分配给项目的人员，其积极性也不高，项目和客户的利益往往得不到优先考虑。
(3)技术复杂的项目，跨部门之间的沟通更为困难，职能组织结构形式较难适用。
职能组织结构的应用
在一般的工业企业中，设有人、财、物和产、供、销管理的职能部门，另有生产车间和后勤保障机构等，通常采用这种方式。
虽然生产车间和后勤保障机构并不一定是职能部门的直接下属部门，但是职能管理部门可以在其管理的职能范围内对生产车间和后勤保障机构下达工作指令，这是典型的职能组织结构。
在高等院校中，设有人事、财务、教学、科研和基本建设等管理的职能部门(或处室)，另有学院、系和研究中心等教学和科研的机构，其组织结构模式也是职能组织结构，人事处和教务处等都可对学院和系下达其分管范围内的工作指令。
我国多数的企业、学校、事业单位目前还沿用这种传统的组织结构形式。
